Die Nachteile

Einige mögliche Nachteile, die sich bei der Aquaponik ergeben, könnten sein:

1. Anfängliche Kosten für Gebäude, Wasserbecken, Rohrleitungen, Pumpe/n und Zuchtbeete.

2. Die schier unendliche Anzahl an Möglichkeiten, das System zu konfigurieren, kann zu unterschiedlichen Ergebnisse führen, im Widerspruch zur Forschung stehen, oder aber über Erfolg oder Misserfolg entscheiden.

3. Einige Aquaponik-Anlagen setzen massiv auf künstlicher Energie, Technologie-Lösungen und Umweltkontrolle, um die Rückführung und die Wasser- und Umgebungstemperatur zu erzielen. Aber ein System, bei dessen Konzeptionierung das Energiesparen eine Rolle spielt (wie z.B. die Verwendung einer Solarheizung und das Ausnutzen der Schwerkraft, um eine Verringerung des Pumpens zu erzielen), kann extrem energiesparend sein.

4. Obwohl eine sorgfältige Planung das Risiko minimieren kann, können aquaponische Anlagen mehrere potenzielle Fehlerquellen aufweisen – wie z. B. Stromausfall oder Verstopfung des Leitungssystems – , die zum vollständigen Verlust des Fischbestands führen können.

5. Wie bei allen auf Aquakultur basierenden Systemen besteht das Futtermittel gewöhnlich aus Fischmehl, das aus minderwertigen Arten gewonnen wird. Durch den fortschreitenden Schwund wilder Fischbestände ist diese Praktik nicht mehr tragbar. Jetzt gibt es jedoch organisches Fischfutter, welches sich als eine brauchbare Alternative beweisen und somit diese Bedenken zunichte machen könnte.Weitere Alternativen beinhalten den Anbau von Entengrütze (kleine Wasserlinse) in einem aquaponischen System, die als Futter für die Fische dient, welche in demselben System gezüchtet werden [12]; ebenfall sehen Alternativen das Züchten von Larven der schwarzen Waffenfliege mittels Madenkompostierung vor, die als Futtermittel für die Fische verwendet werden.