Nachteile E&F-Systeme
Ebbe-und-Flut-Systeme sind sehr flexibel, weisen wenige praktische Nachteile auf. Obwohl diese Systeme in der Regel beim kompakten Anbau kleinerer Pflanzen eingesetzt werden, werden sie auch für den Anbau großer Pflanzen verwendet. In diesem Fall werden Eimer benutzt, deren Volumina zwischen 1 und 5 Litern betragen. Hierfür wird der Einsatz von Hochleistungs-Pumpen erforderlich, die bei großen Aquarien, Zierbrunnen oder Koi-Teichen verwendet werden.
Diese Systemen haben einige Facetten, die etwas vom Arbeitsaufwand bei Großanwendungen aufzeigen: In erster Linie die Handhabung der Medien zwischen den Verwendungen, wie z.B. die Reinigung und Sterilisation. Dieses kann durch eine Sterilisations-Lösung, wie z:B. Wasserstoffperoxid erfolgen. Der Ablauf wird vorübergehend eingeschaltet, Wurzelfragmente werden mit der Hand entfernt. Bei größeren Behältern ist es erforderlich, das Medium nach der Sterilisation auf eine geeignete Oberfläche zu legen, um übrig gebliebenes Pflanzenmaterial zu entfernen.
Ein zweiter Nachteil besteht darin, dass die Wurzeln dazu neigen, zusammenzuwachsen. Das bedeutet, das Entfernen geernteter oder beschädigter Pflanzen kann sich als problematisch erweisen, da die Pflanzen über ein gut entwickeltes Wurzelsystem verfügen. Zwar stellt dieser Aspekt für kommerzielle Nutzpflanzen, die alle zum selben Zeitpunkt geerntet werden, kein Problem dar, dafür ergibt sich aber ein massives Problem beim Einfall von Krankheitserregern: Da alle Wurzeln von der gleichen Quelle aus beflutet werden, können sich die Krankheitserreger rasend schnell ausbreiten.
Die meisten Ebbe-und-Flut-Systeme verwenden ein wieder verwertbares Reservoir zum Fluten des Tisches. Über einen bestimmten Zeitraum hinweg kann es passieren, dass aufgrund von Schwankungen der pH-Wert der Nährlösung in einen Bereich gelangt, der für die Pflanze ungesund ist. Befindet sich der pH-Wert auf einem falschen Niveau, können sich daraus verschiedene Probleme ergeben, einschließlich, ohne sich jedoch darauf zu beschränken, Nährstoff-Absorption und Blatt-Kannibalisierung. Wie der Name bereits andeutet, tritt Blatt-Kannibalisierung dann auf, wenn eine Pflanze Nährstoffe von einem Pflanzenteil aufnimmt und die Nährstoffe für einen anderen Pflanzenteil verwendet. Blatt-Kannibalismus zeichnet sich als braune Flecken auf den Blättern ab.
Schlechtes oder unvollständiges Abfließen kann zu einem Zustand führen, bei dem dichte Wurzeln stehendem Wasser ausgesetzt werden, welches sich durch Einschluss in die dichte Wurzelmasse gebildet hat. Stehendes Wasser hat meistens Wurzelfäule oder Pilzwuchs zur Folge. Einige E&F-Systeme sind gegenüber Wurzelfäule nicht so gefeit wie es ein gut durchdachtes System sein würde. Sind die Tische mit Pflanzen bestückt, deren Größe die für das System optimale Größe überschreitet, kann dieses die Notwendigkeit für Modifikationen zur Folge haben, wie z.B. Beete aus mittelgrobem Kies, um stehendes Wasser zu vermeiden. Die Neigung des Tabletts in eine Richtung ist eine Möglichkeit, bessere Abfließ-Eigenschaften zu erzielen. Bei E&F-Systemen, die Eimer verwenden, kann dieses Problem auf ähnliche Weise gelöst werden, indem durch die Wahl der geeigneten Größe des Mediums ein gutes Abfließen gewährleistet wird. Ferner sollte sichergestellt werden, dass das Abfließen zwischen den Flut-Zyklen vollständig erfolgt.
Besteht der Verdacht, dass sich die anaerobe Pythium-Wurzelfäule bereits an den Wurzeloberflächen breitgemacht hat, kann auch Wasserstoffperoxid den Nährlösungen beigegeben werden. Der aus dem Wasserstoffperoxid freigesetzte Sauerstoff wirkt auf einzellige Organismen zerstörerisch und wird in Dosen verabreicht, die je nach Konzentration des Peroxids variieren. Typischerweise werden einige Teelöffel einer 3,5-prozentigen Lösung auf eine Gallone (knapp 4 Liter) oder etwas mehr gegeben. Die kurzfristige Erhöhung der Sauerstoffzufuhr beschädigt nur minimal die Wurzeln, wo hingegen das Ausmerzen des Wasserschimmels die gesamte Ernte beträchtlich steigern oder sogar das Überleben einer Kulturpflanze sichern kann.