Die Bedingungen, die innerhalb des Systems der Hydrokultur herrschen (das Vorhandensein von Dünger sowie hohe Luftfeuchtigkeit), erzeugen eine Umgebung, die das Wachstum von Salmonellen fördert.
Ein weiterer Nachteil ist der Krankheitserregerbefall einschließlich Wurzelfäule infolge der Verticillium-Welke, die durch die hohen Feuchtigkeitsgrade bedingt sind, die die Hydrokultur und die Verwässerung von auf Erde basierenden Pflanzen mit sich bringt. Außerdem benötigen viele Hydrokultur-Pflanzen andersartige Dünger und Sicherheitsbehälter-Systeme
